상장법인 합병가액 공정가액 산정 의무화 자본시장법 개정안(대안) 분석

서문분석 대상과 본 리포트의 범위

본 리포트는 2026년 5월 14일 국회 정무위원회가 의결한 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률안(대안)」(정무위원장 대안, 의안번호 DD21040)을 분석 대상으로 합니다. 이 대안은 김현정 의원안(2201944), 한정애 의원안(2202970), 윤한홍 의원안(2206175), 김남근·신장식·한창민 의원안(2206908), 이정문 의원안(2208104), 이강일 의원안(2210863) 등 6건의 의원입법안을 병합·조정한 위원회 대안으로, 상장법인의 합병 등 자본거래에서 그 가액을 주가 중심의 일률적 산식에서 자산가치·수익가치 등을 종합 고려한 공정한 가액으로 전환하는 것을 골자로 합니다. 본 리포트에서는 위원장 대안에 최종 반영된 조항을 중심으로 그 의의, 기업 실무에 미치는 영향, 시행령 단계의 변수와 보류된 입법 과제를 정리합니다.

핵심 요약

정무위원장 대안은 상장법인의 합병가액을 주식가격·자산가치·수익가치 등을 종합 고려한 공정한 가액으로 결정하도록 「자본시장법」 제165조의4의 기본 원칙을 전환합니다. 이사회 의견서 작성·공시 의무를 법률에 상향 명시하고 외부평가기관의 평가·공시를 모든 합병 등으로 확대하며, 계열회사 간 합병에서는 외부평가기관 선정에 감사·감사위원회의 권한을 부여하고 특수관계인과의 이해관계 공시를 의무화합니다. 한편 주식매수청구권 가격 산정 방식도 합병가액 산정 기준에 연동됩니다. 발의 단계에서 제시되었던 손해배상책임 신설, 특수관계인 의결권 제한, 합병검사인 제도 등은 대안에서 보류되었습니다. 시행일은 공포 후 3개월 경과한 날이며, 이사회 결의일을 기준으로 적용되므로 2026년 하반기 이후 합병 등을 검토하는 상장법인은 사전 점검이 필요합니다.

제1장입법 배경과 개정안의 전체 구도

현행 합병가액 산정 방식의 한계

현행 「자본시장법 시행령」 제176조의5는 상장법인이 그 계열회사인 법인과 합병하는 경우 합병가액을 이사회 결의일과 합병계약 체결일 중 앞서는 날의 전일을 기산일로 하여 최근 1개월간 평균종가, 최근 1주일간 평균종가, 최근일 종가를 산술평균한 기준시가를 기준으로 10퍼센트 범위에서 할인 또는 할증하는 방식으로 산정하도록 규정하고 있습니다. 이러한 일률적 산식은 합병가액 산정의 신속성과 예측가능성에 기여한 반면, 시장주가가 기업의 내재가치를 충분히 반영하지 못하는 경우 일반주주에게 불리한 합병비율이 결정될 수 있다는 비판이 지속적으로 제기되어 왔습니다.

자본시장연구원의 분석에 따르면 2018년부터 2022년 사이 국내 상장사 간 합병 16건은 전부 계열회사 간 합병이었으며, 비계열사 간 독립 당사자 합병은 전무하였습니다. 또한 합병 발표 1년 전부터 누적 시장조정수익률이 평균 마이너스 16.0퍼센트로 나타나, 합병가액 산정의 기준 시점이 소수주주에게 불리하게 선택되었을 가능성이 시사된다고 분석된 바 있습니다.

2024년부터 누적된 합병비율 논란 사례

최근 수년간 합병비율의 공정성 논란이 반복적으로 제기되었습니다. 두산그룹의 두산로보틱스와 두산밥캣 흡수합병 추진 과정에서는 2023년 매출 9조 7,589억 원·영업이익 1조 3,899억 원을 기록한 두산밥캣과 매출 530억 원·영업손실 192억 원을 기록한 두산로보틱스의 합병비율이 1대 0.6317462로 산정되어 일반주주의 강한 반발을 불러왔고, 금융감독원의 두 차례 정정신고서 요구 끝에 2024년 8월 포괄적 주식교환이, 같은 해 12월 분할합병이 각각 철회되었습니다. SK이노베이션과 SK E&S의 합병 과정에서도 시장가격을 기준으로 산정된 합병가액이 기업의 본질가치를 충분히 반영하지 못한다는 지적이 제기되었으며, 2022년 동원산업과 동원엔터프라이즈의 합병에서는 일반주주의 반발로 합병비율이 1대 3.84에서 1대 2.70으로 수정되는 일이 발생하였습니다.

주요 합병비율 논란 사례의 공통 구조

주가 중심 산식 → 우량 계열사 저평가 시점 활용 → 지배주주 지배력 강화에 유리한 합병비율 산정 → 일반주주 반발 → 감독당국의 정정신고서 요구 또는 합병 철회. 이 패턴은 「자본시장법」 시행령상 산식의 구조적 한계와 직결되며, 정무위원장 대안의 핵심 개정 사항인 합병가액 산정 방식 전환의 직접적 배경이 됩니다.

정부와 국회의 제도 개선 흐름

금융위원회는 2024년 11월 26일 「자본시장법 시행령」 개정을 통해 비계열사 간 합병에 한정하여 합병가액 산식 적용을 폐지하고 자율적 협상을 허용하는 한편, 외부평가기관 선정 시 감사 또는 감사위원회의 동의를 거치도록 하고 외부평가기관의 품질관리규정 마련을 의무화한 바 있습니다. 이어 2024년 12월 2일 일반주주 이익 보호 강화를 위한 자본시장법 개정 방향을 발표하면서 합병가액 공정산정 의무화, 이사회 의견서 작성·공시 법률 명시, 외부평가 평가·공시 의무 전면 확대, 물적분할 후 상장 시 모회사 일반주주 우선 배정 등의 네 가지 축을 제시하였습니다. 정무위원장 대안은 이 네 가지 축 중 합병 관련 세 축을 법률에 반영한 결과물에 해당합니다.

제2장정무위원장 대안의 주요 내용

1. 합병가액 산정 원칙의 전환

대안은 「자본시장법」 제165조의4 제1항을 개정하여 상장법인이 합병 등을 하는 경우 그 가액을 주식가격, 자산가치, 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 산정된 공정한 가액으로 결정하도록 규정합니다. 이는 종전 시행령에서 정하던 기준시가 산식을 법률 단계로 끌어올려 공정가액 원칙을 명문화한 것으로, 합병뿐 아니라 중요한 영업·자산의 양수도, 주식의 포괄적 교환·이전, 분할·분할합병에도 그대로 적용됩니다. 산식의 구체적인 내용은 대통령령에 위임되며, 시행령 단계에서 자산가치와 수익가치를 어떻게 가중평균할 것인지, 순자산가치 하한선을 어떤 방식으로 반영할 것인지 등이 후속 쟁점이 될 전망입니다.

2. 이사회 의견서 작성·공시 의무의 법률화

대안 제165조의4 제2항은 상장법인의 이사회가 합병 등을 결의하는 경우 합병 등의 목적 및 기대효과, 가액의 적정성 등에 관한 의견서를 작성하여 공시하도록 의무화합니다. 종전에는 「자본시장법 시행령」 제176조의5 제6항에서 규정하던 의견서 작성 의무가 법률에 상향 명시되었으며, 위반 시 제165조의18에 신설된 제3호의2에 따라 금융위원회의 정정명령, 임원 해임 권고, 일정 기간 증권 발행 제한 등의 조치가 부과될 수 있습니다.

3. 외부평가기관 평가·공시의 전면 확대

대안 제165조의4 제3항은 외부평가의 대상을 종전의 합병가액에서 합병 등 전반으로 확대하고, 평가뿐 아니라 공시까지 의무화합니다. 특히 계열회사 간 합병의 경우 신설된 제4항에 따라 외부평가기관을 감사 또는 감사위원회가 선정하도록 하여 지배주주로부터 독립된 평가 환경을 제도화하였습니다. 또한 제6항은 계열회사 간 합병을 하는 상장법인이 특수관계인과 합병 상대 법인과의 이해관계를 공시하도록 규정하여 정보 비대칭 문제에 대응합니다.

4. 주식매수청구권 가격 산정 방식의 연동

대안은 「자본시장법」 제165조의5 제3항을 개정하여 합병 등에 반대하는 주주의 주식매수청구권 가격이 협의되지 않는 경우 이사회가 주식가격, 자산가치, 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 산정하도록 변경하였습니다. 종전에는 이사회 결의일 이전 증권시장에서 거래된 해당 주식의 거래가격을 기준으로 시행령에서 정한 방법에 따라 산정하던 것을, 합병가액 산정 기준과 동일한 공정가액 체계로 연동한 것입니다.

대안에 반영된 「자본시장법」 제165조의4의 주요 변경 사항

조항	개정 전	개정 후(대안)
제1항	대통령령으로 정하는 요건·방법 등의 기준에 따라야 한다(기준시가 중심 산식)	주식가격, 자산가치, 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 산정된 공정한 가액으로 결정하여야 한다
제2항(신설)	—	이사회의 합병 등 결의 시 의견서 작성·공시 의무 명시
제3항	외부평가기관으로부터 합병 등의 가액 등에 관한 평가를 받아야 한다	외부평가기관으로부터 합병 등에 관한 평가를 받아 공시하여야 한다
제4항(신설)	—	계열회사 간 합병 시 외부평가기관은 감사 또는 감사위원회가 선정
제6항(신설)	—	계열회사 간 합병 시 특수관계인 및 합병 상대 법인과의 이해관계 공시 의무
제165조의5 제3항	이사회 결의일 이전 증권시장 거래가격 기준 산정	이사회가 주식가격·자산가치·수익가치 등을 종합 고려하여 산정

5. 대안에서 보류된 입법 과제

발의 단계에서 제시되었던 일부 강화 조항은 대안에 반영되지 않고 추후 논의로 보류되었습니다. 김현정 의원안에 담겼던 합병가액 공정성 입증책임의 상장법인 전환, 고의·중과실에 따른 회사·이사·감사의 연대 손해배상책임 신설, 합병가액에 관한 다툼 시 입증책임 분배 규정이 그 대표적 사례입니다. 또한 합병 참여 법인의 특수관계인 의결권 행사 제한, 박상혁 의원안의 합병검사인 선임 청구 제도도 보류되었습니다. 서울경제 보도에 따르면 여당 내부에서도 특수관계인 의결권 제한이 주주평등 원칙에 반하고 M&A 시장을 위축시킬 수 있다는 우려가 제기되었으며, 합병가액 산정 체계 자체를 바꾸는 큰 틀의 제도 개편을 우선 추진하고 나머지 쟁점은 추가 논의를 이어가기로 정리된 것으로 확인됩니다.

제3장기업 실무에 미치는 영향과 시사점

합병 등 자본거래 절차의 전반적 재설계 필요

공정가액 원칙의 도입은 상장법인이 계열사 간 합병, 분할합병, 주식의 포괄적 교환·이전, 중요한 영업·자산 양수도를 추진할 때 적용되는 가격 결정 절차 전반을 재설계하도록 요구합니다. 종전 기준시가 산식에 따른 자동 산정이 불가능해지므로, 기업은 합병 의사결정 초기 단계에서부터 자산가치와 수익가치를 어떤 방법론으로 산정할지 정하고, 그 결과를 이사회 의견서와 외부평가 의견서에 일관되게 반영해야 합니다. 김앤장은 2025년 4월 분석에서 합병 등 기업지배구조 개편 거래의 진행에 있어 다양한 이해관계자들의 의견을 수렴하고 명확한 투자자 보호 방안을 사전에 마련하는 것이 바람직하다고 지적한 바 있습니다.

이사회·감사위원회 책임의 실질적 강화

이사회 의견서가 법률 의무로 격상되고 위반 시 임원 해임 권고 등 행정조치의 대상이 됨에 따라, 합병 등 결의에 참여하는 이사 개개인의 선관주의의무 입증 부담이 한층 무거워집니다. 또한 계열회사 간 합병에서 감사 또는 감사위원회가 외부평가기관 선정 주체로 명시되면서, 감사위원회의 독립성과 전문성이 합병 절차의 적법성 판단에 핵심 변수로 자리 잡게 됩니다. 자산총액 2조 원 이상 상장회사 등 감사위원회 의무설치 법인은 외부평가기관 선정 절차를 감사위원회 의결사항으로 명문화하고 회의록과 검토 자료를 체계적으로 관리할 필요가 있습니다.

외부평가의 실질화와 분쟁 가능성 증가

금융감독원은 2026년 3월 26일과 31일 4대 회계법인 및 중소형 회계법인을 대상으로 합병 외부평가 관련 간담회를 두 차례 개최하고 외부평가 가이드라인 마련을 추진하고 있습니다. 그동안 회계법인이 기업이 제시한 조건을 사실상 추인하는 수준에 머물러 도장 찍기 역할에 그친다는 비판이 반복되었던 만큼, 가이드라인이 마련되면 회계법인의 평가 독립성이 제고되는 한편 평가 결과의 책임 범위도 명확해질 전망입니다. 다만 한국경제 등의 보도는 공정가액 산정 과정에서 외부 평가와 미래 실적 전망이 중요해지는 만큼 평가 결과를 둘러싼 이견과 분쟁 가능성이 높아질 수 있다는 우려도 함께 제기하고 있어, 평가 방법론과 가정의 합리성을 사후 검증 가능한 형태로 문서화하는 절차가 중요해집니다.

시행령 단계의 후속 쟁점

대안은 합병가액 산정의 구체적 방법과 이사회 의견서·외부평가의 세부 내용을 대통령령에 광범위하게 위임하고 있어 시행령 단계의 입법 설계가 실무 영향의 폭을 좌우할 전망입니다. 주요 후속 쟁점은 첫째 자산가치와 수익가치의 가중평균 방식과 순자산가치 하한선 적용 여부, 둘째 비계열사 간 합병과 계열회사 간 합병의 산식 차등 여부, 셋째 이사회 의견서에 포함되어야 할 항목과 공시 시점, 넷째 외부평가기관 품질관리규정의 구속력 수준 등입니다. 한정애 의원안 등 일부 발의안은 합병가액이 순자산가치에 미달하는 경우 순자산가치를 가액으로 간주하도록 하는 하한 조항을 담고 있었으며, 대안에는 명시되지 않았으나 시행령 단계에서 유사한 기준이 도입될 가능성이 검토될 수 있습니다.

전망

대안은 공포 후 3개월 경과한 날부터 시행되며 시행 이후 이사회 결의를 하는 합병 등부터 적용됩니다. 2026년 하반기 이후 합병·분할·주식교환 등을 검토하는 상장법인은 시행령 입법예고 일정과 금융감독원의 외부평가 가이드라인 발표 시점을 함께 모니터링하면서, 이사회 의견서 작성 체계, 감사위원회의 외부평가기관 선정 절차, 공정가액 산정 방법론에 대한 사전 점검을 병행하는 것이 바람직합니다. 한편 손해배상책임 신설과 특수관계인 의결권 제한은 추가 논의 과제로 남아 있어 향후 입법 동향에 대한 지속적 모니터링이 필요합니다.

참조 자료

[1] 국회 정무위원회, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률안(대안)」 정무위원장 대안(의안번호 DD21040), 2026. 5. 14. 의결.
[2] 정무위원회 수석전문위원, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률안 검토보고」(김현정의원안, 의안번호 2201944), 2024. 9.
[3] 정무위원회 수석전문위원, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률안 검토보고」(윤한홍의원안, 의안번호 2206175), 2025. 2.
[4] 정무위원회 수석전문위원, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률안 검토보고」(박상혁의원안, 의안번호 2206587), 2025. 2.
[5] 금융위원회 보도참고자료, 「일반주주 이익 보호 강화를 위한 자본시장법 개정방향」, 2024. 12. 2.
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[8] 자본시장연구원, 「2026년 자본시장 주요 이슈」, 자본시장포커스, 2026. 2. 4.
[9] 황현영·정수민, 「상장법인 합병가액 산정기준의 문제점과 개선방안」, 자본시장연구원 이슈보고서 23-15, 2023. 8.
[10] 한국경제, 「저가 합병 막는다…상장사 합병에 주가 대신 공정가액 적용」, 2026. 5. 12.
[11] 한국경제, 「공정가액 합병 반대주주 보호도 담겼다…주식매수청구권도 연동」, 2026. 5. 14.
[12] 서울경제, 「'공정가액 산정' 최대주주 의결권 제한…여당 내에서도 '소액주주 보호 못해' 우려」, 2026. 4. 17.
[13] 아주경제, 「[단독] 금감원, 합병 공정가액 '외부평가 가이드라인' 만든다」, 2026. 3. 22.

※ 본 리포트 작성 기준일: 2026년 5월 20일. 정무위원장 대안은 정무위원회 의결을 마쳤으나 법제사법위원회 심사 및 본회의 의결 절차가 남아 있으며, 시행령 입법 단계에서 산정 방식의 세부 내용이 구체화될 예정이므로 본문 일부 내용은 향후 변경될 수 있습니다.